平成ガメラシリーズ3部作の最終作で、前2作のキャラクターも多数登場する総決算的作品。

ストーリー
ガメラとギャオスの闘いで両親を失った比良坂綾奈は、ガメラを激しく憎んでいた。そんな折、綾奈はある洞窟で謎の生物を発見。イリスと名付けて可愛がる。一方、東京・渋谷に2匹のハイパー・ギャオスが飛来。ガメラがこれを撃退するものの、甚大な被害が出たことから政府はギャオス以上にガメラを危険視することに。やがて、イリスがギャオスの変異体であることが判明し……。